In den selteneren Fällen einer aggressiv fortschreitenden Parodontitis (massiver Gewebeverlust am Zahn in kurzem Zeitraum) kommen die Full-Mouth-Desinfektion und –therapy zum Einsatz. Entsprechend dem heftigen Krankheitsverlauf wird unter intensivem Einsatz von Antibiotika, Spüllösungen und gehäuften Prophylaxebehandlungen eine Infekteingrenzung erreicht.
Um die Antibiotikatherapie zielgerichtet einsetzen zu können, ist manchmal eine auf genetischen Methoden basierende Keim- und Resistenzbestimmung erforderlich.